Le Département à comme objectifs de promouvoir les activités inter-laboratoires Nord et Sud, pour évaluer les nouvelles technologies appliquées aux diagnostics microbiologiques et promouvoir les différentes procédures d’assurance qualité adaptées aux critères régionaux.
En parallèle avec leurs activités de recherche essentiellement translationnelles, les membres du département de référence en microbiologie assurent :
Les laboratoires de microbiologie du CHU Paris Diderot, en partenariat avec l’IMEA, préparent et distribuent des souches et du matériel moléculaire de référence pour le diagnostic des maladies infectieuses. Le Centre National de Référence du Paludisme, par convention avec l’APHP, Hôpitaux Paris Nord VDS, est hébergé par le département de référence en microbiologie de l’IMEA. Il assure la surveillance du paludisme importé et autochtone par l’analyse épidémiologique, clinique et biologique des cas (2442 cas étudiés en 2016). Cette surveillance contribue à l’établissement des recommandations annuelles de prévention (BEH juin 2018).