24 jui

Virologie : 7 coronavirus humains HCoV rapportés à ce jour.

Le SARS-CoV-2 est un bétacoronavirus avec 29 903 paires de base, sous-genre Sarbecovirus.

La protéine virale S se lie à une protéine réceptrice appelée enzyme de conversion de l'angiotensine 2 (ACE2), tandis qu'une autre protéine appelée TMPRSS2 tel un corécepteur va activer présenter S pour permettre au virus de pénétrer et d'infecter les cellules. L'expression du gène ACE2 est corrélée à l'activation par l’interféron produit en réponse à l’infection virale.

Jiang et al in Trends in Immunology https://doi.org/10.1016/j.it.2020.03.007

Les CoV pénètrent dans les cellules hôtes en se liant d'abord à leurs récepteurs cellulaires respectifs [enzyme de conversion de l'angiotensine 2 (ACE2) pour le (SRAS)-CoV-2 ou SARS-CoV et dipeptidyl peptidase 4 (DPP4) pour le (MERS)-CoV] sur les membranes des cellules hôtes exprimant l'ACE2 (par exemple pneumocytes, entérocytes) ou la DPP4 (par exemple, les cellules du foie ou des poumons, y compris Huh-7, MRC-5 et Calu-3). Cette liaison se fait par l'intermédiaire de la protéine de pic de surface (S), qui assure la médiation de la fusion virus-membrane cellulaire et de l'entrée du virus.Le CoV se lie d'abord à un récepteur viral (ACE2 ou DPP4) par l'intermédiaire du domaine de liaison au récepteur (RBD) de la protéine S, puis le virus fusionne avec les membranes cellulaires par la formation d'un noyau de fusion en faisceau à six hélices (6-HB).

L'ARN génomique viral est libéré et traduit en protéines et polymérases virales. L'ARN génomique négatif (-) est synthétisé et utilisé comme modèle pour former l'ARN génomique sous-génomique ou génomique positif (+). L'ARN viral et la protéine de structure de la nucléocapside (N) sont répliqués, transcrits ou synthétisés dans le cytoplasme, tandis que d'autres protéines de structure virales, notamment S, la membrane (M) et l'enveloppe (E), sont transcrites puis traduites dans le réticulum endoplasmique (RE) et transportées au Golgi. Le complexe ARN-N viral et les protéines S, M et E sont ensuite assemblés dans le compartiment intermédiaire ER-Golgi (ERGIC) pour former un virion mature, puis libérés des cellules hôtes. 

Distance génétique en % entre les différents HCoV

Le tableau ci dessus résume les différences entre les génomes des différents CoV humains. Il sera donc difficile d'interpréter les données de réponses immunes croisées actuellement proposées par les immunologistes alors que les distances sont très importantes même si la redondance du code génétique peut donner des distances antigéniques moindres que celles du génome.