Le SARS-CoV-2 et les autres coronavirus

 

De très nombreux coronavirus infectent les hommes et les animaux. Chez l’homme, on compte 7 coronavirus dont 3 peuvent donner des infections graves : MERS-CoV (épidémie toujours en cours), SARS-CoV (virus disparu après l’épidémie de 2003) et le SARS-CoV-2 (anciennement nCoV 2019).

Les autres coronavirus humains (désignés sous HCoV avec les acronymes HKU1, OC43, NL63 et 229 E) ne sont guère dangereux sauf pour les patients immunodéprimés. Ce sont les virus qui donnent ce que l’on nomme communément un rhume. Les enfants les contractent très jeunes et nous sommes tous infectés sous toutes les latitudes. Résumé par Suzan Weiss in J. Exp. Med. 2020 Vol. 217 No. 5 Rockefeller University Press.

Il existe de très nombreux coronavirus comme le montre ce schéma indiquant la présence de ces virus dans une large partie du monde animal.

D’après A Vabret in Virologie Médicale JM Huraux et Al . ESTEM AUF

Un peu de phylogénie

Les comparaisons des gènes des différents coronavirus montrent bien la proximité de ces gènes entre le SARS-CoV-2 et virus BatCoV RaTG13 des chauve-souris d’une part et avec le virus du SARS. Également la grande proximité génétique avec le SARS CoV.

Le SARS-CoV-2 n’est pas lui-même un recombinant majeur et garde l’organisation génomique du BatCoV RaTG13. Ce dernier par contre pourrait être le résultat de recombinaison entre d’autres coronavirus des chauves-souris. Ce qui est banal et très commun.

Le virus Pangolin-CoV est 91.02% et 90.55% identique aux SARS-CoV-2 et BatCoVRaTG13. La protéine S1 codée par le Pangolin-CoV est plus proche de celle du SARS-CoV-2 que celle de RaTG13. Peut être une adaptation au récepteur humain ACE2. Zhang et al https://doi.org/10.1016/j.cub.2020.03.022

Une affaire de famille

Comment expliquer l’existence de SARS-CoV-2 proche de la chauve souris mais distant sauf pour la région S du pangolin. Il manque l’hôte intermédiaire à ce jour qui a infecté l’homme. Le SRAS-CoV-2 - ou un ancêtre très similaire serait en circulation chez un autre hôte depuis des... décennies. La lignée menant au CoV-2 se serait séparée il y a plus de 140 ans de celle que l'on observe aujourd'hui chez les pangolins. Puis, au cours des décennies, les ancêtres SRAS-CoV-2 se sont écartés du Corona ancêtre des chauves-souris, qui eux ont perdu le domaine de liaison du récepteur efficace qui serait resté dans le SRAS-CoV-2. Pour l’hôte on peut imaginer n’importe quel mammifère y compris le pangolin qui peut très bien être porteur de deux CoV un peu différents... Boni, M. F. et al. Evolutionary origins of the SARS-CoV-2 sarbecovirus lineage responsible for the COVID-19 pandemic.

Wang & al R. Preprint at bioRxiv : Synonymous mutations and the molecular evolution of SARS-Cov-2 origins (2020).

Les 3 hypothèses de Zank et al in Current biology https://doi.org/10.1016/j.cub.2020.03.022

La variabilité entre les nucléotides du génome de SARS-CoV-2 et du virus RaTG13 de la chauve-souris a été globalement estimée à 4 %. Si l’on s’intéresse aux seuls sites neutres donc de mutations simples et sans conséquences pour le virus mais qui représentent son évolution sans pression, la valeur correspondante atteint alors 17 %. Ce qui indiquerait que le passage est plus ancien que cet automne et que la circulation chez l’homme est plus précoce que présentée par les autorités, que cette circulation soit sous forme essentiellement asymptomatique ou sous forme symptomatique non identifiée. D’où un important nombre de cas dans le Hubei, véritable réacteur de l’épidémie.

Par ailleurs Xiao K et coll montrent des similitudes entre SARS-CoV-2,et Pangolin-CoV soit une concordance de respectivement 100 %, 98,6 %, 97,8 % et 90,7 % pour les gènes E, M, N et S. Xiao Nature. (7 mai) : doi: 10.1038/s41586-020-2313-x.

Depuis quand est apparu le SARS-CoV-2 ? 40-70 années ??

Une divergence des ancêtres peut être plus ancienne entre les trois virus en cause. https://www.nature.com/articles/d41586-020-01315-7