Le point virologique sur les test de détection des antigènes du SARS CoV 2

Le point virologique sur les test de détection des antigènes du SARS CoV 2

L’IMEA promeut l’approche ‘’One Health’’ ou Santé Globale avec l'Organisation mondiale de la santé (OMS), l'Organisation mondiale de la santé animale (OIE) et l'Organisation des Nations Unies pour l’alimentation et l’agriculture (FAO). Cette approche intégrée en santé humaine, animale et environnementale prend tout son sens face à l’épidémie de la covid 19 pour l’iMEA qui depuis 50 ans lutte contre les maladies infectieuses au Nord comme au Sud. Les axes de recherche et d’enseignement de l’IMEA portent particulièrement sur des pathologies souvent résultant de transmissions inter espèces prouvées ou suspectées comme la covid 19, les VIH et les hépatites ou proches des préoccupations écologiques comme le paludisme.

 

Le site John Hopkins ce 27 octobre nous montrent la gravité de la pandémie et l’obligation d’outils de surveillance simples rapides et peu chers….

 

Très attendu, les tests antigéniques connaissent un rebond d’intérêt de par la facilité de réalisation. Leur indication est les sujets symptomatiques à un stade précoce tel que vus aux urgences ou lors d’épidémies en collectivité type EHPAD.  L’enjeu reste maintenant la sensibilité des tests qui pour les meilleurs d’entre eux peuvent dépister les sujets pour lesquels la PCR serait inférieure à 30 CT. Ces tests antigéniques sont moins sensibles que les tests PCR mais par contre ils indiquent qu’il y a une réelle réplication virale au moins partielle sinon complète et corrèlent théoriquement avec le maintien de l’infectiosité du sujet. L’alliance d’un dépistage PCR pour le diagnostic suivi d’un antigène pour le suivi simplifié.

 

Quand dépister : réflexions sur les sensibilités et les fréquences de dépistage par le NEJM : 

  DOI: 10.1056/NEJMp2025631

Deux régimes de surveillance avec des tests de sensibilité différente. Le test de faible sensibilité analytique est administré fréquemment et le test de haute sensibilité analytique rarement. Les deux schémas de test détectent l'infection (cercles orange), mais seul le test à haute fréquence la détecte pendant la fenêtre de transmission. 

Bien illustré par les probabilité pré tests et la valeur post tests des résultats. 

 

 

Un faux négatif dépend de la sensibilité du test : seuls les tests sensibles, validés dans des conditions réalistes ont de l'intérêt. Ce qui limite pas mal d’études avec des tests ‘’maison’’.

Des résultats négatifs, même sur un test très sensible, ne peuvent exclure une infection si la probabilité de pré-test est élevée.

25-10 Cinétique des marqueurs du diagnostic

 

LES NOUVEAUTÉS ou PCR ‘’rapides’’ ou assimilés : 

1. SHERLOCK One-Pot Testing.   

 

402 échantillons obtenus par écouvillonnage nasopharyngé (202 positifs et 200 négatifs en RT-PCR) ont été rétrospectivement analysés. Par rapport à la RT-PCR, la sensibilité et la spécificité de STOPCovid.v2 ont été respectivement estimées à 93,1 % et 98,5 %. La positivité du test est obtenue en 15 à 45 minutes ce qui fait rêver… Une validation prospective a porté sur 15 prélèvements nasaux recueillis conformément aux recommandations des CDC : les cinq positifs ont été correctement identifiés, tout comme les dix négatifs.

 

Joung J et coll. Detection of SARS-CoV-2 with SHERLOCK One-Pot Testing. N Engl J Med 2020 (16 septembre) : publication avancée en ligne. DOI: 10.1056/NEJMc2026172.

 Ce test a une sensibilité de 93,1% et une spécificité de 98,5%  

FS : on voit mal l’apport par rapport aux organisations actuelles par PCR.

 

 

2. Loop Dee Science, France / test de détection rapide en biologie moléculaire du Covid-19 permet l'obtention d'un résultat en 30 minutes sensibilité et une spécificité de 96 % par rapport aux PCR classiques ; En collaboration avec le CHU de Caen.

 

3. Nanopore et Gridion : la Lamp PCR couplé au séquenceur NGS pour du très haut débit 

LamPORE est un nouveau test rapide, évolutif et précis, pour la détection du virus du SRAS-CoV-2 qui provoque le COVID-19. LamPORE est conçu pour être effectué sur un appareil de bureau, GridION, ou un appareil de la taille de la paume de la main, MinION Mk1C.

 

LamPORE est marqué CE en utilisant le dispositif GridION. Le test LamPORE COVID-19 est réalisé sur l'ARN extrait de prélèvements oropharyngés et nasopharyngés et basé sur la transcription inverse en loop (RT-LAMP) pour amplifier trois gènes ( E, N, ORF1a) et un témoin actine humaine par une incubation de 30 minutes à 65ºC. Sur plus de 500 échantillons, le LamPORE montre une sensibilité de 99,1% [96,9-99,9] et une spécificité de 99,6% [98,0-100]. Le flux de travail verrouillé permet de traiter jusqu'à 480 échantillons par cycle (ou jusqu'à 9 120 échantillons en 24 heures) sur un maximum de cinq cellules de flux. Chaque cellule de flux peut être traitée et exécutée indépendamment, offrant ainsi une flexibilité à la demande de 24 à 480 échantillons par cycle ; jusqu'à plus de 9 000 échantillons en 24 heures

FS : dérivés de la technologies NGS voilà de quoi envisager de grandes études PCR pour tous. En attente pour la France. ! Ne pas oublier que la préparation du test est peut être fastidieuse si c’est la même que pour le NGS.

 

Rien de neuf sur le fond car existaient en Chine dès le début de l’épidémie mais alors de piètre qualité. La nécessité faisant loi, les vrais fabricants de test s’y sont mis et les premiers tests utilisables sont sur le marché.

Ces tests antigéniques sont des dosages immunologiques grâce à des anticorps anti SARS-CoV-2 de synthèse qui détectent la présence d'un antigène viral spécifique, ce qui implique une infection virale actuelle. Le principe : des anticorps de synthèse anti SARS-CoV-2 sont coatés sur une surface solide et vont capter les antigènes de capsides et/ou des fragments de la protéine S ou N qui seraient présents dans l’échantillons après recueil nasal profond ou oropharyngé ou salivaire selon les tests. En cas de détection une réaction colorée est visible. Les tests “antigène” sont actuellement autorisés à être effectués sur des échantillons nasopharyngés ou nasaux sur écouvillon placés directement dans le tampon d’extraction ou le réactif du test. A noter un test Français sur plasma mais probablement réservé au cas sévère uniquement. 

La HAS  a rendu un avis favorable à leur utilisation et  remboursement pour le diagnostic de l'infection Covid-19 chez les patients symptomatiques. Le seuil requis est de 80 % pour la sensibilité et de 99 % pour la spécificité.

26-10 : les tests antigéniques pourront désormais être utilisés pour le diagnostic de patients symptomatiques dans une situation de dépistage individuel par les médecins, pharmaciens ou infirmiers autorisant sous condition pour le remboursement par la Sécurité sociale. Les résultats doivent être remis dans les 30 minutes après le prélèvement nasopharyngé profond des voies respiratoires hautes par écouvillonnage (FS : le test Abbott lui autorise le prélèvement nasal profond… (En tous les cas faire un ENP pour éviter toute contestation y compris avec les caisses).

La HAS a fixé une sensibilité minimum de 80 % (FS : ce qui devrait exclure la quasi-totalité des tests antigéniques actuels !). L’évaluation réalisée AU CHU Henri Mondor le mois passé : Aucun des 6 tests TROD antigéniques évalués ne répond aux exigences de performance diagnostique permettant une utilisation comme alternative à la PCR pour le diagnostic de la maladie COVID-19 chez des sujets symptomatiques ou des sujets contacts de patients infectés (sensibilité globale de l’ordre de 60% par rapport à la PCR pour les meilleurs tests), pour lesquels une recherche d’ARN viral par PCR doit être réalisée dans un laboratoire de biologie médicale, avec résultat en moins de 48 heures.  Les tests CORIS et NG BIOTECH ont fait la preuve d’une sensibilité insuffisante pour une utilisation en contexte de diagnostic comme de dépistage de l’infection COVID-19 (sensibilités respectives pour un Ct ≤3 de 42.6% et 38.9%). - La sensibilité des tests BIOSENSOR, ABBOTT, BIOSYNEX et AAZ a été considérée comme satisfaisante pour une utilisation dans un contexte de dépistage à large échelle https://www.sfm-microbiologie.org/wp-content/uploads/2020/10/RAPPORT-TROD-ANTIGÈNE-COVID-HMN-7-octobre-2020.pdf

L’état du marché :

Entre Abbott et Roche qui ont toutes les chances d’écraser le marché… au prix de 5 USD. 50 millions de kits produit chaque mois pour Abbott, 40 millions pour Roche… Sans compter les outsider de poids tel Beckman en automate pour grande série. Les enjeux sont énormes avec plus de 200 000 nouveaux cas chaque jour dans le monde alors que la détection reste la meilleure stratégie sanitaire. Les autorités réglementaires américaines ont déjà autorisé les tests d'antigènes de Abbott, Becton Dickinson & Co, Quidel Corp et LumiraDX. 

Prévision de 100 millions en production aux USA par mois d'ici la fin de l'année : une demi-douzaine de tests dits antigènes seront probablement autorisés  fin  octobre par la FDA. La capacité mensuelle globale de tests aux États-Unis dépassera les 200 millions par mois d'ici la fin de l'année ce qui laisse peu d’espoir pour une large diffusion au-delà des mers avec des livraisons pérennes. 

 

 

Les test antigéniques bientôt en OTC ?? Déjà praticables par une large gamme de personnel de santé alors pourquoi pas libérer pour le grand public. Mais  au risque de baisser la garde des gestes barrières. Et surtout de consommer les stocks de tests pour de mauvaise indication. Quant au MG ils ont un jugement prédictif probablement supérieur à celui du test vu les prévalences….

Quelle sensibilité :

La sensibilité des tests antigéniques rapides est de 84,0% à 97,6% par rapport à la RT-PCR selon les fabricants. Attention aux évaluations le plus souvent biaisées par le recrutement des échantillons.

Les nouveaux tests Ag détectent au mieux le virus dans 80 % des cas vs plus de 95 % en PCR lors des premiers jours de l’infection ; L'OMS et les CDC conseillent un test PCR si les personnes présentant de symptômes sont négatives au test rapide « antigénique ». La FDA autorise les tests « antigéniques » uniquement pour les personnes présentant des symptômes depuis moins de 12 jours.   

En effet, les niveaux d'antigène dans les échantillons prélevés au-delà de 5 à 7 jours après l'apparition des symptômes peuvent chuter sous la limite de détection du test. Les tests antigéniques rapides donnent de meilleurs résultats lorsque la personne est testée aux premiers stades de l'infection par le SARS-CoV-2, lorsque la charge virale est généralement plus élevée.  Cela peut entraîner un résultat de test négatif, tandis qu'un test plus sensible, tel que la RT-PCR, peut renvoyer un résultat positif. doi:10.1038/d41586-020-02661-2

Les tests Antigène  plus sophistiqués (ie en plaque EIA réalisables au laboratoire) pourraient détecter par comparaison à la PCR l’équivalent d’ARN de 30 CT et moins et pourraient être utile dans le suivi médical des patients ; A noter un test de recherche de l'antigène sur le plasma. 

La spécificité des tests antigéniques rapides est généralement aussi élevée que la PCR et particulièrement pas de réactions croisée avec les coronavirus bénins.

Quelles indications :

 

 

ATTENTION : ces tests seront des aides très utiles seulement si leur indication est bien posée car leur fenêtre de positivité est courte,   de l’ordre de quelques jours et précède la détection des anticorps

Ils sont peu sensibles mais   intéressants pour ceux qui ont une importante quantité de virus dans les voies respiratoires et sont à risque de grande contagiosité pour la communauté et plus à risque d’évolution défavorable en cas de comorbidité ; Ces tests antigéniques rapides peuvent être utilisés pour les dépistages dans des contextes collectivités à forte incidence où il peut être utile de fournir des résultats immédiats même avec une sensibilité plus basse quand le délai d'exécution rapide est nécessaire. Les tests antigéniques rapides doivent être interprétés dans le contexte de la prévalence de l’infection ou de la maladie, des caractéristiques de performance du dispositif et des instructions d’utilisation, ainsi que des signes cliniques, des symptômes et des antécédents du patient.

 Sous quelle forme se présentent les principaux tests  :

Se présentent sous forme unitaire de bandelettes, de cartes ou de cassettes type test de grossesse ou sous forme hospitalière en tests EIA à haut débit. 

 

Exemple Abbott's Binax COVID-19 Ag Card  

 

En moins de 30 minute en général pour les tests unitaires ;

Simple à réaliser sur un écouvillon 

Sur quels prélèvements :

ATTENTION MODE DE PRÉLÈVEMENT DIFFÈRENT SELON LES PRODUITS :

• ABBOTT suit les recommandations US et le prélèvement se fait en nasal profond posé à mi hauteur du conduit. Attention en France ENP
• ROCHE et le plus souvent    sur un écouvillon nasopharyngé, a priori plus sensible mais moins populaire.

Leur positivité signifie que le virus est réplicant alors que la PCR détecte également les virus « squelettes » qui ne sont plus ou que peu transmissibles ; 

Leur indication de choix sera les urgences hospitalières pour différencier avec les autres viroses aigues ou en cas de signes cliniques chez des patients pour le grand public. 

Les tests disponibles à part les tests asiatiques hors jeux

Abbott's Binax COVID-19 Ag Card Abbot

La carte BinaxNOWTM COVID-19 Ag est un immunodosage à flux latéral destiné à la détection qualitative de l'antigène de la protéine de la nucléocapside du SARS-CoV-2 dans les prélèvements nasaux dans les sept premiers jours suivant l'apparition des symptômes. Ne différencie pas entre SARS et SARS-CoV-2. Sensibilité démontrée de 97,1 % et une spécificité de 98,5 %

Abbott propose une application complémentaire gratuite, qui permet aux personnes d'afficher les résultats de leur test BinaxNOW sur leur smartphone,véritable passeport sanitaire new look qui permet aux personnes dont le test est négatif d'obtenir une carte NAVICA numérique temporaire cryptée, similaire à une carte d'embarquement. Les organisations utilisant NAVICA pourront vérifier les résultats négatifs du test COVID-19 d'une personne en scannant son NAVICA Pass numérique. Pas évident au niveau de la confidentialité. 

 

Becton Dickinson : BD Veritor™ System for Rapid Detection of SARS-CoV-2 

 

BD Veritor ™ est un test immuno-chromatographique dans les prélèvements nasaux de patients avec un petit lecteur portatif. Qq faux positifs rapportés et sont en cours d’exploration https://www.wsj.com/articles/covid-19-test-maker- 

BD biosensor propose également d’un test en fluroescence avec lecture sur petit automate Le STANDARD F COVID-19 Ag FIA est un immuno-essai par fluorescence permettant de détecter le SARS-CoV-2 dans un échantillon de prélèvement naso pharyngé humain. 

 

A propos de BD biosensor : le test Standard Q COVID-19 Ag est un immunoessai chromatographique rapide pour la détection qualitative d'antigènes nucléoprotéique dans le nasopharynx humain par ENP. Des anticorps monoclonaux de souris anti-SARS-CoV-2 conjugués à des particules de couleur sont utilisés comme détecteurs  d’ antigène SARS-CoV-2. Les performances ont été établies lors d’ une étude prospective utilisant 202 écouvillons nasopharyngés de patients symptomatiques en Malaisie. Les résultats ont été comparés à ceux obtenus à l'aide d'un test moléculaire commercial.

 

COVID-VIRO® pour la détection qualitative de l’antigène de la nucléocapside du SARS-CoV-2, en 15 minutes, à partir d’un prélèvement nasopharyngé. Un des premiers tests « antigénique » de fabrication française, gage d’autonomie voire de qualité…

 

Le test rapide d'antigène SARS-CoV-2 de Roche est un test immuno-chromatographique destiné à la détection qualitative du SARS-CoV-2 présent dans le nasopharynx. Ce test est effectué par des professionnels de la santé à l'aide d'un écouvillon nasopharyngé prélevé sur un patient. Le test a une sensibilité de 96,52% et une spécificité de 99,68%, sur la base de 426 échantillons provenant de deux centres d'études indépendants. Prévu fin septembre, partenariat avec SD Biosensor Inc. 

 

Le test QIAGEN antigène Access Anti-SARS-CoV-2 utilise le QIAGEN eHub une machine portable robuste, pour analyser les échantillons de prélèvement nasal de jusqu'à huit personnes symptomatiques à la fois. Facile à utiliser, l'eStick utilise une technologie de détection fluorescente par nanoparticules pour repérer la protéine de la nucléocapside du SARS-CoV-2, L'appareil donne des résultats négatifs en 15 minutes - et en seulement trois minutes dans le cas d'un fort positif. Il peut traiter en moyenne environ 30 tests par heure.

Le système eHub de Qiagen et Ellume peut traiter huit échantillons à la fois, en effectuant des tests d'antigènes et d'anticorps côte à côte.

Le Quidel, SARS Antigen Fluorescent Immunoassay (FIA) est réservé aux laboratoires car basé sur l’IFI. Livré avec un petit lecteur (en plus €). Limites de sensibilités de cette technique à contrôler.

SARS-CoV-2 Ag LumiraDx est un test d’immunofluorescence microfluidique à utiliser avec la Platform LumiraDx pour la détection qualitative de l’antigène protéique de la nucléocapside du SARS-CoV-2 directement dans des échantillons sur écouvillon nasal recueillis dans les douze jours suivant l’apparition des symptômes auprès de personnes suspectées par leur médecin d’avoir contracté le COVID-19,ou présentant un risque plus élevé de l’avoir contracté. Ne fait pas la distinction entre le SARS-CoV et le SARS-CoV-2.

CorisBioConceptScience Park CREALYS, Belgique info@corisbio.com - sales@corisbio.comwww.corisbio.com

 

 

 

EasyCov : Le CHU de Montpellier et le CNRS ont présenté le 5 octobre les résultats de l’étude clinique de leur test salivaire rapide du Covid-19 EasyCov. Capable de détecter l’ARN du SARS-CoV-2 en moins de 40 minutes, il affiche une sensibilité de 75,9% sur 270 sujets recrutées de façon prospective dont 220 sujets symptomatiques ou cas-contact : EasyCov a détecté 35 cas sur 40, soit une sensibilité de 87,5 %. Sur la cohorte totale – 270 échantillons EasyCov a détecté 60 positifs / 79 avérés, soit 75,9 %. Écouvillonnage nasopharyngé de rigueur.

 

CERTEST One Step test to detect SARS-CoV-2 antigen in card format. Espagne

SARS-CoV-2,CE IVD, pour le diagnostic des patients symptomatiques jusqu’à 7 jours après apparition des symptômes en alternative à la RTPCR sur prélèvement nasopharyngé.

Siemens Healthineers CLINITEST Rapid COVID-19 Antigen Test nasopharyngé 15 minutes.

COVID-QUANTIGENE® est le premier test sur plasma qui permet la détection quantitative de l’antigène de la nucléocapside du virus SARS-CoV-2 à partir d’un échantillon de sang (sérum/plasma) par technique ELISA double-sandwich sur microplaque.medRxiv https://doi.org/10.1101/2020.09.14.20191759doi: 

 Cf l’article de l’hôpital Bichat : SARS-CoV-2 N-antigenemia : A new COVID-19 marker and a potential alternative to nucleic acid amplification techniques Quentin LE HINGRAT

Sous forme de test EIA en microplaque. S’adresse aux laboratoires. Ce test dépasse 90% de sensibilité de détection de l’antigène de la nucléocapside (N) pour les prélèvements sanguins de moins de <14 jours après le début des symptômes chez des patients hospitalisés. Donc potentiellement avec de forte charge virale. La négativité était associée à la présence d’IgG anti-N et d’une faible charge virale PCR à l’ENP. Utilisable peut être pour un meilleur suivi pronostic des patients.

 

 

 

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