Épidémiologie moléculaire du SARS-CoV-2

 

A ce jour, plus de 3 000 souches ont été complètement séquencées – sans que l’on comprenne très bien le pourquoi du comment de l'intérêt de ces séquences sinon que le NGS permet désormais des séquences plus rapides ! Aucune recombinaison, et les mutations observées sont celles naturelles de ce type de virus. Cela conforte la phylogénie. On retrouve les 3 grands axes en phylogéographie : voir ici

La numérotation des sites et la structure du génome sont celle de la souche Wuhan-Hu-1/2019 comme référence. La phylogénie est enracinée par rapport aux premiers échantillons de Wuhan. La résolution temporelle se base sur un taux de substitution des nucléotides de 8 × 10-4 subs par site et par an. 

Le SARS-CoV-2 mute très lentement et il n’a pas besoin de muter par ailleurs car ne subit pour l’heure aucune pression. C’est l’épidémie idéale : résistant réplicatif et absence d’immunité de 7 milliards d’individus : à ce stade de la pandémie, les génomes des coronavirus comportant 10 mutations ou moins sont courants, et seul un petit nombre d'entre eux présentent plus de 20 mutations - ce qui représente toujours moins de 0.1% du génome.

Mutation positions VIC995, collected on March 31 from a woman in Victoria, Australia.

Les premiers cas en France en décembre 2019 ?

Yves Cohen, CDS de réanimation Avicenne Bobigny et leur laboratoire ont repris les dossiers des patients atteints de pneumonie en décembre et janvier et ont retrouvés 24 patients, nous avons un cas positif au covid 19, le 27 décembre. Le patient a été symptomatique pendant 14 jours et a contaminé ses deux enfants. 

Encore plus loin, 2456 scanners ont été relus par l’équipe du Dr Schmitt de Colmar, qui évoque pour une trentaine de personnes une potentielle covid 19 le cas le plus ancien remontant au 16 novembre. Colmar est un spot très recherché par nos visiteurs chinois. On attend les études sérologiques rétrospectives qui ne devraient pas manquer, les sérums de ces patients étant conservés un an en cas de demandes de sérologies infectieuses.

Les premiers cas français publiés (Lescure, Bouadma et al. 2020) étaient des importations directes du Hubei et les génomes s'enracinent dans le clade V avec tous une mutation V367F (G22661T) dans S, non observée dans les autres génomes. Dans l'ouest ou l'est de la France (B2334/B2340, clade V et GE1583, clade S), tous ont un historique récent de voyage en Italie. Les séquences du nord de la France tombent dans le clade G (défini par une seule mutation non synonyme, D614G) Contrairement à ce qui est observé pour de nombreux autres pays européens (Gudbjartsson, Helgason et al. 2020, Zehender, Lai et al. 2020), l’épidémie française a été principalement ensemencée par une ou plusieurs variantes de ce clade G Introductions and early spread of SARS-CoV-2 in France doi Gámbaro et al.